「安心出行」推出初期，因為其應用程式本身可能涉及隱私問題而引起爭議，唯香港特區政府推廣及解釋「安心出行」隱私問題時，強調資料會儲存在手機內[4]。
推出後期，香港特區政府規定市民出入政府地方或公共場所使用「安心出行」而引起非議。
2022年5月3日，傳真社Android版本「安心出行」進行逆向工程，發現程式內置人臉識別模組，具有包括識別臉部五官特徵和位置功能，令「安心出行」私隱問題，引發爭議[5]。
2022年12月13日，行政官李家超宣佈2022年12月14日起掃描安心出行二維碼，但到食肆，戲院，醫院和校園場所要出示疫苗通行證，[13]而為入境人士而設疫苗通行證「黃碼」會取消[14]。
2023年1月8日，政府宣佈安心出行正式停運，但創新科技及工業局局長孫東指市民可保留程式。
[15]
2020年11月24日，香港行政長官林鄭月娥記者會上表示，目前會鼓勵市民使用，但排除將要求市民進出指定處（包括餐廳），使用「安心出行」手機程式，記錄去過相關處所。
[16] 她形容「但你可以揀去定唔去」。
2020年11月25日，香港政府表示已有超過12,000個公私營場地參與，包括商場、戲院、政府機構、公園和餐廳，其中各類餐廳有超過千家參與。
其後創及科技局、醫院管理局發稿反駁指控。
[18][19]
由2021年1月28日起，政府規定市民如進入政府大樓或辦事處，須在手機使用「安心出行」程式掃描現場二維碼（QR code）報到後，才可進入。
[20]
2月2日，華人廟宇委員會表示善信進入沙田車公廟需掃描「安心出行」二維碼。
而黃大仙祠要求年初一正月十五期間，善信進祠需掃「安心出行」二維碼，才可得到一張「入園證」。
[21]
2021年2月10日，政府宣佈3月1日起，政府員工和市民進入所有政府場地，使用「安心出行」掃描二維碼，或記錄姓名、聯絡電話和到訪日期及時間。
[22] 同月18日，政府要求餐廳指定處強制顧客使用「安心出行」應用程式或登記資料，紀錄市民行蹤，否則罰停業314天。
[23]
由2021年11月1日起，政府規定市民如進入政府大樓或辦事處，當中包括食環署轄下街市、醫管局總部及公立醫院行政大樓，在手機使用「安心出行」流動應用程式掃描現場二維碼（QR code）報到後，才可進入，獲豁免人士或場所外，其他人禁止「填紙仔」登記姓名和聯絡電話作為替代。
[30][31]由12月9日起擴展所有表列處。
應政府即擴展疫苗通行證，政府於2022年1月27日宣佈推出「安心出行」流動應用程式3.0.2版本，加設功能（如以顏色）顯示疫苗接種紀錄，沒有疫苗接種紀錄會出現紅色標記，有疫苗接種紀錄出現藍色標記。
同時支援儲存「豁免證明書」，市民如果原因獲發「豁免證明書」，用户掃描場地二維碼後，確認頁面會顯示計時器，防止有人截圖進入場所。
[32]
2022年9月9日，政府宣佈新增「檢測登記碼」功能，讓市民預先填寫個人資料。
[33]
12歲以下（第599F章規管處所為15歲或以下）和65歲或以上人士、使用「安心出行」有困難殘疾人士外，以及獲政府或其授權機構認可人士，所有人進入以下處所在手機使用「安心出行」程式掃描現場二維碼（QR code）報到後，才可進入，禁止登記姓名和聯絡電話作為替代。
2022年2月，創新及科技局局長薛永恆表示，當局研發提升「安心出行」，市民使用，同時表明「安心出行」會推行實名制。
薛永恆指，市民接種疫苗時是實名登記，當局即推行「疫苗通行證」，市民進入場所時，要展示「疫苗通行證」予場管理者掃描。
另外，他認為只要「疫苗通行證」，做到實名追蹤，推行「安心出行」實名制。
[35]
2022年7月，醫務衞生局局盧寵表示局研究改良程式，當中包括推行實名制，做到有機制限制確診者或要做強檢風險人士出入某些場所。
而政府探討仿傚澳門或內地推出「黃綠」碼。
[36]
2021年2月，醫管局員工陣線質疑「安心出行」是監控市民，而非防疫。
進入商場要掃安心出行、疫苗通行證一系列複雜資訊，主要是靠義工機構聾人發放[67]。
公務員事務局局長聶德權表示，「安心出行」程式無追蹤行蹤功能，會洩露私隱[40]。
而醫管局員工陣線發聲明回應，指創科局誤導市民，令市民安心，並批評政府防疫表現人意，若繼續漠視民意會進一步加深民怨。
該組織表示，未來一星期內會繼續於地區呼籲市民杯葛「安心出行」[41]。
2021年3月，「安心出行」聲明中指，有關確診個案外出紀錄會上傳衞生署，保存年期達7年，直指資科辦可能會用户資料提供予接觸「追蹤工作執法人員」，並指出索閲個人資料是根《個人資料（私隱）條例》內所載條款，當中訂明若面罪行或檢控時，個人資料私隱或會授權使用。
[42]第599D章《預防及控制疾病（披露資料）規例》列明特區政府可索取任何人手上持有有關「處理公共衞生急事態」或「識別和追蹤可能蒙受染上疾病危險人」資料，這想像包括「安心出行」手機資料。
[43]
2022年5月3日，傳真社發現Android版本「安心出行」手機應用程式內置人臉識別模組，可以期間識別臉部五官特徵和確定位置。
但於政府拒絕公開安心出行源代碼下，因此確定程式運作期間會否進行人臉識。
政府資訊科技總監辦公室回覆傳真社查詢時表示，承認承辦商在開發程式時使用了包含人臉識功能現成模組，但強調「安心出行」沒有採用相關功能。
[44]
2021年12月27日，發生「望月樓羣組」感染事件，望月樓傳播當日涉及200名同場食客，但直至2022年1月3日找到170人，有30人找到。
於「安心出行」應用程式未有追蹤功能，政府局只能信用卡付款紀錄追蹤，於現金或其他方式付款食客，未能追蹤。
港微生物學系講座教授袁國勇批評政府使用「安心出行」技術落後，需要徹底改革。
[50]
2022年1月3日，發生洪為民生日派事件，衞生防護中心未能使用「安心出行」系統協助追查派出席者，只能洪為民提供派名單作追查，衞生防護中心傳染病處主任張竹君醫生承認派有未能追查「隱藏賓客」，只能呼籲所有出席派人士主動聯絡衞生署[51]。
「安心出行」系統未能衞生署提供當日出席者人數，於是衞生署公佈出席者人數變更：1月7日估計170人，1月9日稱有192人，1月10日改稱有214人[52]，1月12日增加222人[53]。
2022年2月28日，於個案眾多（每日超過50000宗），差不多所有場所每日有個案出現，形容再發風險通知是「實際，現階段作用」，故此發出「感染風險通知」。
2022年7月，香港特區政府推翻承諾要「安心出行」推行實名登記及變色碼，但政府專家顧問表示這樣做會控制疫情，指出香港建立免疫屏障，香港人口對重症具有免疫力，即使檢測陽性個案增加，重症數量低水平，所以應資源於增加疫苗接種，及善用口服藥避免死亡率上升。
會議員表示中國大陸及澳門都規定民眾使用具有實名登記及變色功能碼及澳康碼，有追蹤功能，但疫情中國大陸及澳門發生大規模傳播，出現上海封城、澳門封城[10]，所以中國大陸碼功能套用到香港是缺乏説服力[54]。
2021年4月12日，政府表示「疫苗氣泡」基礎，放寬社交距離措施。
延伸閱讀…
包括規定全部食肆員工需完成接種第一劑疫苗，所有客人使用「安心出行」應用程式，接受手寫登記，容許每枱人數上限由4人提升6人。
措施4月29日實施。
而市民安裝「安心出行」，部分重開後6類處（酒吧、卡拉 OK 場所、夜總會、夜店、麻雀館及派房間）不能光顧。
林鄭月娥指香港人擁有手機比率，理解願意使用。
[55]問到為何要取消「寫紙仔」登記個人資料，她指出是有人會填資料有關。
會接受老人家沒有手機用人手登記。
其後記者指政府早前表示強制所有市民使用「安心出行」，問及措施是否「反口」及違反人權，林鄭月娥指海外有很多人權國家採取嚴格措施，稱「如果你（記者）剛才術語，係違反人權」。
[56]
特區政府規定2021年11月1日起需要使用「安心出行」進入政府地方，包括醫院及街市，及不能使用手寫表格登記，於特區政府表示會強制使用「安心出行」，做法批評是出爾[57]。
有關注無家者議題社區組織表示，觀察只有四分一無家者擁有智能手機，惟政府未有表示無家者是否獲得豁免，擔心他們需要使用社署、體育館、勞工處設施時會受影響，形容「政府正訂貧窮線」[58]。
有頭破血流傷者趕到伊利沙伯醫院急症室求醫時強制使用「安心出行」程式方可進入急症室，但市民到急症室掛號登記時本身需要提供個人資料，要求急診傷者到急診室外使用「安心出行」程式批評是多此及做法擾民[59]。
2021年11月，應政府表示強制市民進入指定場所（例如：食肆、街市）使用「安心出行」措施，有團體表示政府考慮長者及低收入人士困難。
有慈善團體表示，部分低收入人士可能未有智能手機，或智能手機版本，這些人士能負擔購買適合用「安心出行」智能手機費用。
同時，有社區組織指出，長者懂得操作智能手機和手機應用程式，有資訊科技業界人士建議政府應推出有加大字體、加大鈕、簡化流程版「安心出行」，使長者有需要人士較易使用[63]。
2021年12月9日，強制使用「安心出行」措施受到社會批評後，政府表示65歲以上長者、15歲以下兒童，以及疾人士，可獲豁免進入食肆時使用「安心出行」手機程式，改為填紙本表格[64][65][66]。
此外，疾人士理解文章是十分困難。
聾人機構「龍耳」指出，聾人於新冠病毒、Delta、Omicron生字未能時間理解，未能政府政策。
進入商場要掃安心出行、疫苗通行證一系列複雜資訊，主要是靠義工機構聾人發放[67]。
延伸閱讀…
2021年11月1日，有5名人士未有使用正版「安心出行」手機應用程式試圖進入入境事務大樓，入境處即時報警5人拘捕。
事件中涉及一名入境事務助理及一名入境處外判員工，兩人警方拘捕後，停職，入境處發表嚴厲聲明説：「該處拒絕有關人士進入大樓並報警處理。
處方強調，十分重視員工行為操守，如發現任何人員有違法或當行，該處會依法及既定程序嚴肅處理，姑息。
」[68][69]。
2022年1月3日，入境事務處處長區嘉宏出席洪為民生日派時，未有法例要求使用「安心出行」手機應用程式，但事後並受警方檢控，受到入境事務處任何處分，特區政府，是入境處，對使用「安心出行」雙重標準引起公眾批評[70][71][72][73]。
隨著疫情趨緩，香港政府開始放寬入境檢疫相關規定，只要準備文件瞭解隔離政策，能安心前往香港啦！入境香港免隔離，免除酒店檢疫。
覺得申報、登機文件及準備相關資料多、複雜嗎？不用擔心！我們幫大家整理台灣入境香港檢疫規定、需要準備文件，來看看吧！ （雖然不用出示陰性結果，但建議可以保存照片以利相關人員查核）香港政府公告，2月6日起全面恢復香港大陸之間通關，各口岸應開進開；於此同時取消從海外、台灣入境香港接種疫苗規定，但保留自行篩規定。
意即台灣旅客可以24時內篩陰性證明或是48時內核酸檢測陰性報告入境香港。
香港政府宣佈12月29日起取消所有社交距離措施、取消「疫苗通行證」、取消所有入境強制檢測，維持「口罩令」。
取消對入境旅客3天監測期、取消黃碼，進入公共場所需掃「安心出行」，取消國際旅客用餐限制，陰性結果旅客進入場所出示「臨時疫苗通行證」可活動和搭乘大眾交通運輸。
基本上不論抵達香港前停留哪裡、是否施打疫苗，申報表及篩陰性結果證明是要提供資料，其他資料請大家參考以下規定準備唷！目前所有入境香港人士需完成申報表，於線上填寫完成後，系統會發放一個48時內 QR code，請透過 QR code 下載申報結果，並於入境時，邊境管制人員出示。
填寫登記人資料、護照資料及個人基本問題，並下載檔案印出以利入境提供檢查。
2022年9月26起取消外地登機時提交核酸陰性證明，改為提交篩24時陰性結果。
頤庭飯店位於銅鑼灣，距離地鐵站不到10分鐘步行距離，交通位置十分，是一間能以實惠價格預訂到温馨檢疫酒店。
服務式公寓經營 CM+ 壹棠飯店，入門讓人有回家感覺，擁有能欣賞維多利亞港景緻海景房，讓人身心獲得舒展。
鄰近各大購物中心、周邊食肆林立皇悦飯店，簡約風格客房帶給旅客中帶靜感。
潮流時尚貝爾特飯店，鄰近鑽石山及啟德郵輪碼頭，視野開闊，來到這裡能感受到賓如歸服務，能放鬆檢疫隔離心情。
位於香港九龍半島中心地帶，配備高級生活用品，致力於提供完善服務及功能，讓旅客旅途能有體驗。
位於九龍沙嘴，鄰近大型商場及國際商辦地，是提供私人空間五星級指定檢疫酒店。
A：如果只是在香港轉機或過境，需要提供PCR核酸檢測陰性結果證明唷！A：現在無需隔離，只要自行進行抗原測試第五天。
A：如果是3歲以下小朋友，需出示登機前48時PCR核酸檢測陰性結果證明，但抵達香港後現行規定進行檢測，3歲以下小朋友會糞樣本進行檢測。
【新北市訊】安坑軌於2月10日正式通車，北大眾捷運股份有限公司於當日下午1點正式發出首班車，前120位民眾可獲得當日紀念一日票及市集100元兑換券，推出紀念名信片、紀念章、以及限量「好事乘3」安坑通車限定紀念禮盒，數量，當天可以一次買到。
新北捷運公司董事林祐賢表示，安坑輕軌獲得交通部核發營運許可函，於本月10日上午於安坑軌K9十四張站舉辦通車典禮，並於當日下午1點舉行首發車啟航，首發車於中午12點安坑軌K9十四張站1樓入口處發放號碼牌供120位民眾搶先搭乘，首班車民眾可獲贈通車紀念名信片、當日站戳紀念一日票及市集抵用券100元，名額120張發完為止。
新北捷運公司表示，首發車後展開期一個月試營運免費搭乘活動，自2月10日通車日起至3月12日止，持電子票證可免費搭乘，試營運營業時間上午10點下午18點，此外，推出「山形」為概念DIY可折式導覽手冊可供索取，有需求民眾可以洽詢安坑輕軌K9十四張站旅客服務處。
慶祝安坑軌正式通車，新北捷運公司新北地知名冠軍啤酒商「啤酒頭」聯合推出「好事乘3」安坑通車限定紀念禮盒，共有3瓶紀念款啤酒，代表淡海輕軌、環狀線及安坑輕軌三條路線，並以工字型軌道造型設計開發可愛開瓶器，售價588元，限量200組，安坑輕軌K9十四張站販售，售完為止；同時，現場有安坑輕軌通車紀念名信片可供購買，有通車紀念章供民眾使用，試營運期間現場有「遊植感市集」，推出植物及、手作主題主攤商品牌及現場音樂表演，新北捷運公司推出自有商品福袋，每份只要350元，物超所值，歡迎民眾來搭乘安坑輕軌逛逛市集。